为改善基层医疗卫生机构医疗卫生环境，提升医疗服务能力，为人民群众创造公平的医疗条件，从根本上解决用房、设备装备和技术骨干方面存在的问题，基本建立起县级医疗卫生机构、重点卫生院、一般卫生院和村卫生院“多层次、一体化”的农村公共卫生服务体系，山东省自2005年开始启动骨干医师培训项目，市立医院作为临床培训基地，全面开展“360工程”乡镇卫生院技术骨干培训、“1127工程”技术骨干培训、社区卫生技术骨干培训、县级骨干医师培训工作。

“360工程”乡镇卫生院技术骨干培训  根据《山东省卫生厅和财政厅“360工程”加强全省重点卫生院建设的意见》通知要求，通过省市县三级联动“360工程”技术骨干培训（即由省政府出资分期分批为全省评选出的360所重点卫生院，每所培训7名不同专业的技术骨干），培训对象为卫生院中在内科、外科、急救、妇产、传染、医技和手术室从事医疗、护理、检验等工作的技术骨干。2005年6月9日上午，济南市首批49名乡镇卫生院的学员进入县级及以上医院接受培训，标志着全省“360工程”正式启动。市立医院作为菏泽市临床技能培训基地，于2006年开始承担培训任务。

2007年1月19日，医院成立“360工程”技术骨干培训委员会，副院长宋景元任主任委员，相关科室主任为委员。委员有朱朝金、王金荣、王福贤、崔广德、李英、冯兴柱、苑玉萍、何东方、赵体灵、张庆生、刘庆民、张道华、宗碧云、胡青、程霖、王伯祥、陈永志、梁宪坤、李洪洲。

“1127工程”技术骨干培训  2007年6月5日，市立医院被省卫生厅认定为全省221家“1127工程”技术骨干培训基地之一，并通过《关于公布“1127工程”技术骨干培训基地名单及做好首批学员入学工作的通知》进行公布。

2008年12月15日，医院成立“1127”工程技术骨干培训委员会，副院长宋景元任主任委员，科教科主任苗韶华、副主任桑艳艳为秘书，相关科室主任为成员，有苗韶华、桑艳艳、王金荣、刘庆民、李振龙、霍娟、周志远、苑玉萍、何东方、赵体灵、张庆生、王勇、宗碧云、胡青、程霖、王伯祥、任长印、梁宪坤、李洪洲、陈永志。科教科为医院“1127”工程培训部。

社区卫生技术骨干培训  市卫生局印发《关于做好社区卫生技术骨干培训工作的通知》，市立医院作为临床培训基地，开展社区卫生技术骨干培训工作。

县级骨干医师培训  2010年10月25日，市立医院被省卫生厅认定为菏泽市3家县级骨干医师培训基地（菏泽市立医院、菏泽市中医医院、单县中心医院）之一，印发《山东省县级医院骨干医师培训项目实施方案》，进行公布。

2012年3月1日，成立菏泽市立医院县级医院骨干医师培训委员会，副院长宋景元任主任委员，科教部科长苗韶华和副科长桑艳艳任秘书，相关科室主任为成员。2014年3月19日，医院印发《关于调整县级医院骨干医师培训委员会的决定》，副院长张全忠任主任委员，科教部主任田桂荣和副主任张芹、张雁任副主任委员，相关科室主任为成员，下设办公室，办公室设在科研教学部，负责日常培训管理工作。

2014年3月12日，修订《菏泽市立医院县级医院骨干医师培训项目管理制度》，制定年度《菏泽市立医院住院医师规范化培训计划》，制定《菏泽市立医院住院医师规范化培训项目实施方案》及《县级骨干医师培训手册》，进一步规范科室管理。至2016年，已培训77人